O quadro clínico da paciente com endometriose é bastante variável. A paciente pode ser assintomática, referir apenas infertilidade ou ter sintomas como dismenorreia severa, dispareunia profunda, dor pélvica crônica, dor ovulatória, sintomas urinários ou evacuatórios perimenstruais e fadiga crônica. O exame ginecológico pode ser normal, mas a presença de dor à mobilização uterina, retroversão uterina ou aumento do volume ovariano é sugestiva de endometriose, embora não seja específica. Outras condições, como síndrome do cólon irritável, doença inflamatória pélvica e cistite intersticial, podem apresentar sintomatologia semelhante e devem entrar no diagnóstico diferencial. Os sinais sugestivos de endometriose profunda infiltrativa são nodulações palpáveis no fórnice vaginal posterior ou septo retovaginal, espessamento dos ligamentos uterossacros ou lesões violáceas na vagina.
